Olá!
Todos os sistemas gerenciadores de bancos de dados relacionais possuem ferramentas para que se possa fazer manutenção dos bancos de dados e seus objetos.
Uma saída seria usar esta facilidade para exportar o que você quer de um dos bancos de dados e importar no outro. Outra saída seria criar um programa, em Harbour mesmo, que execute a tarefa.
Veja este artigo do Database Journal:
Top 10 MySQL GUI Tools