Agora faço pela versão GUI. Já aparecem todos os arquivos marcados. (aquele git add *) Então é só colocar um texto para o "commit", e clicar em "commit". Isso salva apenas LOCAL, só na máquina.
Depois clicar em PUSH, e tudo está salvo na internet, no GITHUB.
Não sou expert nisso, apenas uso o que sei. Um expert não precisaria apagar todo repositório e começar de novo, saberia como fazer pra somente anular as alterações. Mas se assim funciona, e é assim que sei... vai assim mesmo.... rs
Cada vez que faço, considero que vai ser a última vez.... e acabo não pesquisando a forma correta de fazer isso....
A partir daí, é ir salvando as alterações da mesma forma: commit pra local, push pra enviar pra internet. E pode escolher se quer salvar só um arquivo ou tudo. E pode visualizar as alterações que foram feitas desde o commit anterior.