Gostaria de comentar com vocês sobre uma ferramenta fantástica (e gratuita) para modelagem de dados em MySQL que testei e aprovei!
Trata-se do MySQL Workbench , que é uma ferramenta gráfica para modelagem de dados, integrando criação e designer que pretende ser uma evolução do já famoso DBDesigner4. A ferramenta possibilita trabalhar diretamente com objetos schema, além de fazer a separação do modelo lógico do catálogo de banco de dados.
Toda a criação dos relacionamentos entre as tabelas pode ser baseado em chaves estrangeiras. Outro recurso que a ferramenta possibilita é realizar a engenharia reversa de esquemas do banco de dados, bem como gerar todos os scripts em SQL.
Conheça mais sobre a ferramenta, em:
http://mysql.com/products/workbench/