Olá Pessoal,
Fiz há pouco um teste com a NF-e 4.00 (SP), e o XML autorizado já está corrigido: <protNFe versao="4.00">.
NOTA: Para quem ainda não havia feito teste com essa versão, a nota vinha como versão 4.00, mas o protocolo de autorização vinha como versão 3.10. Agora está ok, nota e protocolo.